Ein Wasserbett ist vom Prinzip her eine saubere Angelegenheit, viel mehr, als das bei einer herkömmlichen Matratze der Fall sein könnte. Die Matratze des Wasserbetts lässt sich nämlich problemlos feucht abwischen, so dass Krankheitskeime und allergieauslösende Stoffe, wie Hausstaubmilben keine Chance haben. Allerdings sollte dann auch an eine regelmäßige Reinigung der Matratze gedacht werden. Umso mehr, wenn eine Allergie bei der betreffenden Person bekannt ist und das Wasserbett aus dem Grund angeschafft wurde. Bei vorhandenen Allergien sollte eine wöchentliche Reinigung der Matratze stattfinden, in allen anderen Fällen genügt auch ein Abstand von zwei oder drei Wochen.
Für die häufige Reinigung genügt in der Regel ein angefeuchtetes Mikrofasertuch, mit dem die Matratze gründlich abgewischt wird. Mindestens einmal monatlich sollte zur Reinigung aber auch ein spezieller Vinylreiniger verwendet werden. Dieser trägt dazu bei, dass das Material der Matratze schön geschmeidig bleibt und somit die Lebensdauer der Matratze deutlich verlängert wird.
Die regelmäßige Reinigung der Matratze allein genügt aber nicht, um für ein gesundes Klima im Wasserbett zu sorgen. Dazu gehört selbstverständlich genauso ein regelmäßiges Auswechseln der Bettwäsche. Vor allem bei Kindern empfiehlt sich auch das Aufziehen einer schützenden Moltonauflage, falls einmal ein nächtliches Missgeschick passiert. Obwohl die Matratze die Feuchtigkeit nicht aufnehmen würde und ein Reinigen einfach zu bewerkstelligen wäre, gibt eine schützende Einlage ein besseres Gefühl. Je nach Jahreszeit kann die Bettwäsche aus verschiedenen Materialien bestehen. Hier ist die Auswahl ebenso groß wie bei normalen Matratzen.
Nicht zuletzt müssen Besitzer von Wasserbetten sich auch um das Innere der Wassermatratze kümmern. Beim ersten Befüllen hält ein Konditionierer das Wasser keimfrei, ein Mittel gegen Blasenbildung unterdrückt unerwünschtes Blubbern im Kern der Matratze. Der Konditionierer wird einmal jährlich nachgefüllt und alle drei Jahre sollte das komplette Wasser der Matratze erneuert werden.