Nach der Anschaffung eines Wasserbetts steht erst einmal der Aufbau an. Bis Bettrahmen, Bodenplatten, Schaumstoffe und Heizungen die richtige Position haben, dauert es eine Weile, aber schließlich muss dieser Aufwand nur einmal betrieben werden. Nach dem Aufstellen steht das Befüllen der Matratze auf dem Programm. Dieses wird am besten mit Hilfe eines gewöhnlichen Wasserschlauchs durchgeführt, der natürlich sauber sein sollte. Eingefüllt wird warmes, kein kaltes Wasser.
Wie viel Wasser eingefüllt werden sollte, richtet sich nach dem Gewicht der Person, die darauf liegen soll. Normalerweise geben Tabellen in den Aufbauanleitungen der Hersteller Auskunft darüber, wie hoch die Matratze für ein bestimmtes Körpergewicht befüllt werden muss. Dabei gilt, je geringer das Gewicht, umso mehr Wasser kann eingefüllt werden. Dies sollte bedacht werden, wenn während des Gebrauchs des Wasserbetts jemand zu- oder abnimmt. Dementsprechend muss auch die Matratze anders befüllt werden. Bei einem Doppelbett sollten lieber Einzelmatratzen verwendet werden, wenn bei den Partnern sehr große Unterschiede im Gewicht bestehen. So kann dann jede Matratze individuell befüllt werden. In den ersten Tagen ist es möglicherweise notwendig, mehrmals Wasser nachzufüllen oder abzulassen, bis die Matratze auf den jeweiligen Benutzer optimal angepasst ist.
Pro abgenommenem Kilo kann jeweils ein Liter Wasser eingefüllt werden. Bei einer Gewichtszunahme wird im Gegenzug jeweils ein Liter Wasser aus der Matratze abgelassen. Das Ablassen funktioniert ebenfalls am besten mit einem kurzen Stück Schlauch. Unter den Schlauch wird ein Eimer gestellt, der idealerweise eine Skala an der Innenwand aufweisen sollte, damit gleich abgelesen werden kann, wann die gewünschte Menge Wasser entnommen wurde. Für das Befüllen kann eine gereinigte Flasche mit einem Liter Inhalt verwendet werden. Dadurch entfällt das umständliche Abmessen und das Einfüllen klappt ganz leicht.